Школа по биоинформатике

Для того, чтобы зарегистрироваться на Школу по биоинформатике, необходимо зарегистрироваться как участник конференции NGS-2021.

Команда Школы

19 мая 2021 года (за день до конференции NGS-2021) пройдёт Школа по биоинформатике (адрес проведения мероприятия — Москва, ул.Островитянова, д.1, класс компьютерного тестирования). Целевая аудитория: студенты профильных вузов и аспиранты.

Школа будет посвящена работе с данными секвенирования нового поколения, а именно анализу данных метагеномного секвенирования (shotgun metagenomic sequencing). В настоящее производится все большее количество полногеномных метагеномных исследований, в тоже время такой тип данных остается новым для большого количества исследователей. Мы покажем основные приемы для работы с такими данными, а также некоторые наши разработки, позволяющие проводить углубленный анализ.

Опытные биоинформатики поделятся хитростями обработки данных начиная с работы с самыми «сырыми» данными, полученными с секвенатора и заканчивая высокоуровневым анализом медицинской или биологической значимости наблюдаемых явлений. Школа будет состоять из лекций и самостоятельных задач, решаемых на собственном компьютере (желательно) или вместе с преподавателями на демонстрационном оборудовании. Основными нашими инструментами будут Linux, bash, R и набор специализированных утилит.

По окончании Школы участник будет иметь широкое представление об основных подходах и методах в анализе данных полногеномного метагеномного секвенирования. Самостоятельное решение задач позволит студенту самому судить о применимости различных решений к специфическим биологическим и медицинским задачам. Поскольку число участников ограничено (максимум 50 человек), в случае большего числа заявок организаторы проведут отбор участников. Для регистрации на Школу необходимо сперва зарегистрироваться на NGS-2021 (бесплатно).

Программа Школы по биоинформатике 19 мая 2021 года

Начало Школы по биоинформатике в 09:00.

Аудитория 10 (стилобат) РНИМУ им.Н.И.Пирогова

09:00 – 09:30 Настройка компьютеров и интернета, установка отсутствующих программ, необходимых для проведения занятий (ВНИМАНИЕ: настоятельно просим установить программы заранее по высланным инструкциям).

09:30 – 11:30 Применение геномного браузера UCSC для решения практических задач. Знакомство с интерфейсом геномного браузера UCSC. Разбор конкретных примеров анализа данных в геномном браузере и браузере таблиц (Table Browser) UCSC. Борис Шилов, кафедра биоинформатики медико-биологического факультета РНИМУ им.Пирогова.

11:30 – 12:00 Перерыв

12:00 – 14:00 Первичная обработка данных таргетного секвенирования. Контроль качества, выравнивание, коллинг, специфические метрики качества таргетного секвенирования. Дмитрий Коростин, геномный центр РНИМУ им.Пирогова.

14:00 – 15:00 Обед

15:00 – 16:30 Применение NGS для анализа прокариот. De novo сборка генома, аннотация генома. Андрей Чаплин, НИЛ микробиологии и биологической безопасности РНИМУ им.Пирогова.

Схема входа в РНИМУ для прохода в аудиторию: